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基盤地図情報

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日本全国の(多分)地形図と同じベクターデータがXMLで提供されています。 ただし細かく分割されていますので、全国のデータをざっと見るには適していないかもしれません。

• 道路
• 建物形状
• 開放水域 等など

標高データ

• 10mメッシュ(全国)
• 5mメッシュ(河川周辺地域)

いずれも専用のGISフォーマットへの変換ツールがありますが、
Rで変換する方法をuri先生が開発して下さっております。リンク

国土数値情報

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• 平年値気象メッシュ
• 市区町村区域
• 土地利用
• 公共施設位置
• 自然公園地域 等

ESRI Shapefile形式で提供されるデータです。
とりあえずここのデータを眺めると目当てのものが見つかります。
こちらはR上でデータ取得までできてしまうRパッケージがyutani先生より公開されております。リンク

植生図

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植生のGISデータがESRI Shapefile形式で提供されています。
航空写真判読と現地調査をもとに、森林や草地の植生が細かく分けられています。

土地保全図

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• 地形分類図
• 土壌図
• 地質図

ここではおおまかな地質図などを手に入れることができます。

海外

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海外のデータをざっと見るにはこちらがおすすめです。 DIVA-GISというOSSのページになります。

• 行政区画
• 人口
• 河川
• 道路等

OpenStreetMap

リンク OpenStreetMapはご存知でしょうか?leafletの背景になっていたりする、
オープンなGISデータです。もちろんダウンロードすることもできます。
ログインしてExportを押せば、表示地域のデータが、OSMファイルとしてダウンロードできます。
このデータはGDALで変換できます。

関連ページ
衛星画像データ入手先